论文查重系统对书籍内容引用的处理方式主要包括两个步骤。首先，系统会通过文本分析技术识别出论文中的引用内容，包括书籍的标题、作者、出版社等信息。其次，系统会将识别出的引用内容与已有的书籍数据库进行比对，判断是否存在抄袭行为。如果发现有相似的引用内容，系统会给出相应的提示，并提供相似度分析报告。对于存在抄袭行为的论文，系统会根据学术规范进行相应的处理，例如给予警告、扣分或者取消学位等惩罚措施。

此外，论文查重系统还可以通过对书籍内容引用的处理方式来提高查重的准确性和效率。例如，系统可以通过建立更完善的书籍数据库，包括更新书籍信息、增加书籍数量等，来提高对引用内容的识别和比对能力。同时，系统还可以采用先进的文本分析算法，如自然语言处理、机器学习等技术，来提高对引用内容的判断准确性。这些措施可以帮助学术界更好地发现和打击论文抄袭行为，保护学术诚信。