评估论文查重系统对书籍内容引用的识别效果可以从多个角度进行。首先，可以从准确性和召回率两个方面进行评估。准确性指的是系统判定的引用是否正确，召回率指的是系统能够找到的正确引用的比例。可以通过人工标注一部分书籍内容引用，并与系统的结果进行比对，计算准确性和召回率。另外，还可以通过构建一个包含大量书籍内容引用的测试集，使用该测试集对系统进行评估。此外，还可以考虑使用F1值等综合评价指标来评估系统的综合性能。

除了准确性和召回率，还可以从其他角度评估论文查重系统对书籍内容引用的识别效果。例如，可以考虑评估系统对不同类型书籍内容引用的识别效果，比如引用格式的多样性、引用语言的多样性等。可以构建包含不同类型引用的测试集，通过对测试集的评估来评估系统的识别效果。此外，还可以考虑评估系统对大规模书籍内容引用的处理能力，比如系统的响应速度、处理能力等。