在撰写论文时，书籍内容的引用格式与查重系统的兼容性是一个需要特别注意的问题。首先，我们需要明确不同查重系统对于引用格式的要求，有的系统可能更偏向于特定的引用格式，而有的系统则对多种格式都有较好的兼容性。因此在引用书籍内容时，建议在论文中注明所采用的引用格式，并在提交查重系统前，根据系统要求进行相应的格式调整。同时，也可以通过查阅相关文献和咨询导师等方式，了解不同查重系统对引用格式的兼容性情况，以便更好地应对这一问题。

另外，为了确保书籍内容的引用格式与查重系统的兼容性，建议在论文写作过程中，尽量选择正规出版社发行的书籍，并严格按照规范的引用格式进行引用。此外，还可以借助一些专门用于格式转换的工具，将书籍内容引用格式转换为不同查重系统所需的格式，以提高兼容性。总之，充分了解不同查重系统的要求，选择合适的引用格式，并在论文写作过程中注意规范引用，是保障书籍内容引用格式与查重系统兼容性的关键。